בניגוד לתפיסות המדרשיות, כל המפרשים מראשוני הראשונים עד אחרוני האחרונים, כבר עמדו על כך שהתורה אינה מסבירה מה היה הדבר אשר בגינו נאמרו על משה ועל אהרון הביטויים החריפים: "לא-האמנתם בי", "מריתם את-פי", "מעלתם בי", "לא קדשתם את-שמי". אבן-עזרא אומר: 'יש בכאן פירושים רבים למה נענש משה'; אולם דווקא משום העובדה כי ישנם פירושים רבים, הרי זו עדות נאמנה לכך שלמעשה אין פירוש, שהרי אילו היה פירוש, לא היה זה אלא אחד.
אבן-עזרא מפרט באריכות את הדעות השונות למה נענש משה: 'בעבור שאמר לישראל "שִׁמְעוּ-נָא הַמֹּרִים" (במדבר, כ), והם בני אברהם יצחק ויעקב, אמר להם עוד "ממרים הייתם" (דברים, לא); או בעבור שהיכה פעמיים (בסלע, במקום פעם אחת), או כגון באומרו לעם "נוציא לכם מים" (במדבר, כ) במקום לומר 'יוציא לכם ה' מים', או משום שהיכה בסלע במקום לדבר אל הסלע כפי שנצטווה וכו'. עוד הוא מוסיף: 'ואנשי שיקול הדעת אמרו, שלא יתכן שיהיה שליח-ה' ימיר דיבור-ה', ואם הוא המיר איך נאמין בתורתו, גם אלה לא דיברו נכונה, כי אילו היה מחליף במיצוות מיד היה נענש'.
הרמב"ן אף הוא מאריך דברים ודוחה אותנו אל הסוד, אלא שבמיקרה זה הסוד אצלו הוא תורת הספירות הקבלית, תוך הפניית הכוונה כלפי שמות קבליים שונים. אף על פי כן אין כל ספק בכך שגם דבריו רחוקים מן הכתוב בתורה, והוא עצמו אומר במפורש: 'החטא במשה ואהרון במי-מריבה אינו מתפרסם בכתוב'.
ספורנו אומר: 'כבר רבו הדעות בענין חטא מי-מריבה והיה ספק אצל רבים במה חטאו משה ואהרון שנכתב עליהם: "לא האמנתם... מעלתם... ומריתם"; ואם היתה כוונת האל-יתברך שידברו בלבד אל הסלע, מה ענין ללקיחת המטה (כפי שנצטווה משה: "קח את-המטה"); ואם היה החטא על שהיכה משה את הסלע שלא במיצות שולחו, במה חטא אהרון?'. ספורנו מנסה להעמיק את ההסבר המתבסס על הניגוד בין דיבור לבין מעשה. הדיבור משקף את החשיבה והרוחניות שאינן תופעות פיזיולוגיות והן לא שייכות כלל לנתוני הטבע, וכל נס הנעשה על ידי דיבור ניראה אמיתי וגלוי לעין-כל בשידוד הטבע, ולכן כל נס כזה הוא בבחינת קידוש-ה', דבר המהווה מופת על קיומו ומציאותו של אדון הטבע, מה שאין כן נס הנעשה על-ידי מעשה כגון הכאה בסלע, המעיד על השתלטות על הטבע באמצעות כוחות הטבע עצמו.
רבנו בחיי, הפרשן ה'מקובל' יוצא בדרכו של הרמב"ן, ופותח את דבריו במילים: 'רבו הדעות בפרשה זאת ונחלקו המפרשים ז"ל בחטאו של משה מה היה'; הוא מביא את דברי רש"י ורבנו חננאל ומוצא שאינם משכנעים, ולגבי פירוש הרמב"ם אין הוא מקבל עמדתו שהיה כאן כעס, אלא רואה בדברי התורה תוכחה בלבד, מה גם שאהרון לא כעס כלל ואף על פי כן נכלל באותה גזירה; והרב מסכם: 'והנה הכתובים יסבלו בעיקרון קצת דעת הרבנים האדירים האלה, אבל אין ענין הפרשה מתישב על הלב בפירוש אחד מהם'; ובסופו של דבר מפליג רבנו אל הקבלה ומאריך בה. אברבנאל מסכם אחת-עשרה דעות שונות בנושא חטא משה, עליהן אומר הוא: 'הראיתך בעיניך כל הדעות, וכמה רחוקים מן האמת'.
בעל "משך חכמה" ר' מאיר-שימחה הכוהן נותן לכך הסבר נוקב ונועז ביותר, בציינו כי הגזירה שנגזרה על משה לא להיכנס לארץ אלא למות במידבר, אינה כלל בגלל מעשה שהיה, אלא מלכתחילה כך צריך היה להיות, שהאיש משה לא יזכה להשלים את המפעל הגדול של גאולת עם-ישראל בהבאתו לארץ-ישראל, ומכאן דבר זה ניתלה במה שארע בפרשת מי-מריבה; וזו לשון הרב: 'בלתי אפשרי היה שמשה-רבנו יביא את ישראל לארץ, שאם היה הוא אומר על העתיד ויקויים כפי שאמר להם שיביא אותם אל הארץ, אז היו ההמון מחשיבים אותו לאלוהים והיו בגדר עובדי אדם, והיה קלקול גדול מהתיקון'.
הרמב"ם רואה את החטא בכשלונו של משה מבחינת אופיו, בכך שסבלנותו פקעה בפרשת מי-מריבה והוא יצא מגדרו, וברוב כעסו הוא קורא כנגד העם: "שִׁמְעוּ-נָא הַמֹּרִים הממרים את פי ה' הֲמִן-הַסֶּלַע הַזֶּה נוֹצִיא לָכֶם מָיִם" (במידבר כ, י). לדעת הרמב"ם היה בזה משום פגם באישיותו שלא הבין לנפש צמאי-מידבר אלה, אנשים נשים וטף הנאנקים בסבלם ומצוקתם, בהתעטף עליהם נפשם בתנאי המידבר הנוראים. בניגוד לפרשת המרגלים, כאן לא מצינו שישראל מרדו בזדון, ומשה כעס במקום בו לא היה טעם וסיבה לכעוס. את הסברו זה מביא הרמב"ם בקשר לתורת הנבואה הקשורה לתורת המידות שלו, בה הוא מציין כי ההשגה הנבואית עלולה להישלל מהנביא, בגלל תכונת הפחיתות של הכעס שהיא אם כל חטאת, משום היותה פוגעת בכושר שליטת האדם בכוחות נפשו, דבר שהוא פגם גדול שמקומו בל ימצא באישיות המנהיג. כאן יש לומר כי אין המיקרה של מי-מריבה תואם כלל את הסברו זה של הרמב"ם, שהרי לא נוכל לומר על משה-רבנו שנשללה ממנו הנבואה, ומה שאמנם נשלל ממנו היתה רק הזכות להכנס לארץ. בהקשר זה יש להוסיף כי הרמב"ם עצמו אין לבו שלם עם ההסבר שהוא נותן, והדבר משתמע מתוך דבריו: 'וראה מה שנאמר בענין זה ומה שאמרנו בו אנחנו, והאמת תעשה דרכה' (שמונה פרקים, ד).
זאת משום הקושי שאפשר להעלות על הדעת, כי בגלל זה יאמרו על משה ואהרון לשונות האישום החמורות שקראנו, שהרי משה הוא האדם עליו מעידה התורה "וְהָאִישׁ מֹשֶׁה עָנָו מְאֹד מִכֹּל הָאָדָם אֲשֶׁר עַל-פְּנֵי הָאֲדָמָה", ובתור שכזה היה הוא מסוגל להכיר ולהודות בחולשות עצמו, מה גם שהוא זכה להקרא מפי ה' - "בְּכָל בֵּיתִי נֶאֱמָן הוּא".
